개인적으로 아이폰을 쓰다가 아이패드를 사용하니 동기화의 문제가 생기더군요.
원래는 아내의 아이폰은 데스크탑에 제 아이폰은 넷북에서 동기화를 해서 큰 무리가
없었으나 최근 아이패드를 구입하고 나서 동기화를 했더니 아이패드로 아이폰 어플들
이 동기화되는 문제가 생겼습니다.

여기저기 돌아다녀보니 아이튠즈 보관함을 따로 관리하는 유용한 TIP이 있더군요.

1. PC에서 아이튠즈 아이콘을 선택, SHIFT키를 누른 상태+더블클릭을 하면
   [iTunes 보관함 선택]이라는 메뉴가 뜬다.

2. 이때 보관함을 새로 생성하여 다른 이름으로 저장한다.
   (내 경우에는 iTunes for iPad로 저장했는데, 이럴 경우 [내음악] 폴더에 보면
    기존 iTunes 폴더가 이미 있기 때문에 그 폴더만 이름을 iTunes for iPhone로 바꿔서
    사용했다.)

3. 이렇게 2개의 보관함을 만든 후에 다시 1번을 반복한 후 필요한 디바이스에
   대한 보관함을 선택한다.
    보관함 선택시에는 보관함 폴더 안에 있는 iTunes Libraty.itl를 선택하고 실행하면
    해당 디바이스에 대한 아이튠즈가 실행된다.



TIP 원문 사이트)

아이폰과 아이패드를 하나의 컴퓨터에 동기화 시킬때 문제해결 (1) - 보관함 생성
http://blog.onservice.co.kr/179

아이폰과 아이패드를 하나의 컴퓨터에 동기화 시킬때 문제해결 (2) - 보관함 선택
http://blog.onservice.co.kr/186